隧道A线段从长兴岛至崇明岛，长约8237米，采用泥水平衡盾构法施工，线路起始于长兴岛北工作井，线路走行在长江大桥东侧，与长江大桥基本平行。线路穿越长兴岛北子江堤、长江北港水域、崇明岛主江堤后上行接入崇明岛工作井。